9 czerwca 1999 roku Ziemię Augustowską odwiedził gość niezwykły Ojciec Jan Paweł II. Na pamiątkę owego spotkania wytyczono trasę, którą przebył Piotr naszych czasów na pokładzie statku Żeglugi Augustowskiej.

Szlak rozpoczyna się przy Ośrodku Wypoczynkowym Oficerski Yacht Club Pacyfik, gdzie papież Jan Paweł II oczekiwał na statek „Serwy”. Wydarzenie to upamiętnia pomnik - "Fotel" postawiony po wizycie Ojca Świętego.

Trasa wiedzie przez śluzy Przewięź, Swoboda do Gorczycy, gdzie kończy się Szlak Papieski. Podczas wycieczki pasażerowie uczestniczą w śluzowaniu, mogą również zobaczyć Sanktuarium Maryjne w Studzienicznej - gdzie Papież modlił się w kaplicy - i pomnik Jana Pawła II usytuowany nad brzegiem jeziora Studzieniczne, ze słynnymi słowami „Byłem tu wiele razy, ale jako Papież po raz pierwszy i chyba ostatni”.

Większość rejsów „Szlakiem Papieskim” rozpoczyna się w Porcie Żeglugi następnie statek wycieczkowy przepływa obok Ośrodka "Pacyfik" dalej przez śluzę Przewięź na jezioro Studzieniczne, gdzie zawraca do Augustowa. Część rejsów jest tak zaplanowana, by pasażerowie mogli wysiąść i zwiedzić sanktuarium. Statek cumuje tam 30 min, po czym odpływa do Portu. Tę samą trasę można również przebyć mniejszymi jednostkami np. gondolą lub kajakiem.

Upamiętnieniem pobytu Jana Pawła II na Ziemi Augustowskiej oraz podziękowaniem młodzieży za trud Ojca Świętego wniesiony w Światowe Dni Młodzieży jest organizowany od kilku lat „Triatlon Papieski”. To również doskonały sposób na popularyzowanie sportu kajakowego, rowerowego i biegania oraz promocja regionu ziemi augustowskiej.

W 2005 roku Augustowska Organizacja Turystyczna otrzymała Certyfikat Polskiej Organizacji Turystycznej za „Kanał Augustowski – Szlak Papieski” jako Produkt Roku 2005.